У меня в компании раньше тоже были подобные проблемы. В итоге, я просто нанял сис. админа, и он теперь отслеживает работу всех сайтов и приложений. Недешёвое решение, но - вполне эффективное.

Знаете, есть и куда более простые методы. Например, можно установить специальную программу, которая будет осуществлять мониторинг производительности сервера, и оповещать о неполадках. Например, вполне должен подойти этот сервис http://gmonit.ru/ . При таком подходе не придётся платить системному администратору, который, как я понимаю, не особо-то Вам и нужен.